Transfuzní oddělení zajišťuje odběry krve ve spádové oblasti Ústí nad Labem, Teplice, Litoměřice, Lovosice a Roudnice nad Labem. Z krve, odebrané ve výše uvedených spádových oblastech a také v odběrovém středisku v Děčíně, vyrábí transfuzní přípravky. Transfuzní oddělení provádí předoperační autologní odběry a výrobu autologních transfuzních přípravků. Dále provádí odběry plazmy, tzv. plazmaferézy a krevních destiček, tzv. trombocytaferéz.